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学校机构设置

职能部门

·党政办公室（改革与发展研究室、安全保障委员会办公室、地方合作办公室（乡村振兴办公室）、大零号湾专项办公室、特区学院协调办公室；信访工作办公室、法律事务室、机要室）
·纪检监察机构（办公室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、综合业务室）
·党委巡查工作领导小组办公室
·党委组织部（党委党校、机关党委、老干部处、党委机构编制委员会办公室）
·党委宣传部（新闻中心、精神文明办公室；网络宣传与管理领导小组办公室）
·党委统战部

·学生工作指导委员会（学生处、团委、人民武装部；学生事务中心）
·工会（妇女工作委员会）
·研究生院（国家卓越工程师学院）
·教务处（招生办公室）
·科学技术发展研究院（前沿创新研究院、先进技术与装备研院、先进产业技术研究院、学术发展与成果处、科研质量管理处、地方研究院管理处）
·文科建设处（智库中心、智慧人文社科中心）
·国际合作与交流处（港澳台办公室；出入境管理与服务中心、留学生发展中心、德国中心）
·人力资源处（党委教师工作部、人才引进与服务中心；退休人员事务中心、人才工作领导小组办公室）
·财务计划处
·规划发展处（重点建设办公室、信息化推进办公室）
·审计处
·信息安全管理办公室
·资产管理与实验室处（实验室安全与环保中心）
·国有资产监督管理委员会办公室
·保卫处
·基建处
·发展联络处
·校友总会办公室
·招投标与政府采购办公室
·校园管理办公室

直属单位

·图书馆
·档案文博管理中心
·教育技术中心
·网络信息中心（网络安全和信息化领导小组办公室）
·分析测试中心
·学生创新中心
·教学发展中心
·终身教育学院
·钱学森图书馆
·后勤保障中心（校医院）
·附属中学

·系统生物医学研究院
·期刊中心
·新加坡研究生院
·海洋专项推进工作办公室（海洋装备研究院）
·转化医学研究院（专项建设办公室）
·变革性分子前沿科学中心
·张江高等研究院
·校区建设指挥部办公室
·上海海洋装备前瞻技术研究院
·基础教育办公室
·深远海大科学设施指挥部办公室
·产教融合创新平台建设指挥部办公室

直管企业

附属医院

附属学校