学校现有8个国家工程研究中心，1个国家级能源研发中心，2个国家重大科技基础设施，2个国家产教融合创新平台，12个国际科技合作基地，15个国家（级）重点实验室，1个国家生物安全三级实验室，2个国家野外科学观测研究站，1个国家应用数学中心，3个国家临床医学研究中心，1个新农村发展研究院，1个国防重点学科实验室，1个国家能源局创新平台，1个集成攻关大平台，8个教育部工程研究中心，1个教育部基础研究创新中心，2个教育部野外科学观测研究站，16个教育部重点实验室，1个前沿科学中心，1个省部共建协同创新中心，3个国家协同创新中心，1个国家级创新基地，4个国家卫生健康委员会重点实验室，5个国家医学中心，1个农业部重点实验室，1个自然资源部工程技术创新中心，1个自然资源部野外科学观测研究站，1个国家陆地生态系统定位观测研究站，1个生态环境部重点实验室，4个上海市工程研究中心，5个上海市前沿科学研究基地，3个上海市协同创新中心，21个上海市工程技术研究中心，1个上海市功能型平台，1个上海市技术创新中心，8个上海市临床医学研究中心，1个上海市野外科学观测研究站，50个上海市重点实验室等。与最高人民法院、中国工程院、文旅部、民政部、市场监管总局等共建一批高水平智库研究平台。

学校拥有教学、科研仪器设备资产总值 100.82 亿元，生均教学科研仪器设备值为 11.33 万元。当年新增的教学科研仪器设备值达到 137537.31 万元，新增值占总值的 15.80%。 本科教学实验仪器设备 23792 台(套)，合计总值 6.591 亿元，其中单价 10 万元以上的实验仪器设备 956 台(套)，总值 41885.27 万元， 按本科在校生 18584 人计算，本科生均实验仪器设备值 35467.00 元。

学校拥有 6 个国家级实验教学中心、7 个省部级实验教学中心和 3 个国家级虚拟仿真实验教学中心。此外，还有10个国家级虚拟仿真实验教学项目和26个省部级虚拟仿真实验教学项目。学校将实验室视为培养学生创新能力和实践能力的重要场所，并通过轮训的方式开展大型仪器设备讲座、教授实验项目的原理和内容、进行案例分析、分享前沿动态等，以开拓学生的专业视野。每年有数千名学生获得大型仪器设备自主上机操作资格，这有助于培养学生的操作能力、提升 实验能力和早期科研水平，引导拔尖学生关注世界科技前沿和国家重大战略需求。