学校现有各类科技创新基地184个，其中国家级33个、省部级136个、国际合作15个，包括：2个国家重大科技基础设施，1个李政道研究所，7个国家重点实验室，1个国家前沿科学中心，1个国家集成攻关大平台，3个国家协同创新中心，1个上海应用数据中心，7个国家工程研究中心，2个国家级研发中心，3个国家临床医学研究中心，1个新农村发展研究院，2个国家野外科学观测研究站，1个省部共建协同创新中心，1个国防重点学科实验室，43个上海市重点实验室，2个卫健委国家医学中心，7个教育部工程研究中心，21个上海市工程技术研究中心，4个上海市工程中心，1个上海市技术创新中心，7个上海市临床医学研究中心，5个上海市前沿科学研究基地，3个上海市协同创新中心，2个教育部野外科学观测研究站，1个上海市野外科学观测研究站，1个上海市功能型平台，15个上海市专业技术服务平台，1个上海生态系统国家定位观测研究站；15个国际合作科技创新基地。1个国家社科基金决策咨询点，1个上海市重点智库，7个上海市哲学社会科学创新研究基地，4个上海市高校智库，3个上海市人民政府决策咨询研究基地（专家工作室），2个上海市软科学基地，1个教育部高等学校软科学研究基地等。目前，正在建设一批面向世界基础科学前沿和国家战略需求的研究机构。

学校现有教学、科研仪器设备资产总值77.953亿元，生均教学科研仪器设备值9.91万元。当年新增教学科研仪器设备值98356.0万元，新增值达到教学科研仪器设备总值的14.44%。

本科教学实验仪器设备32172台（套），合计总价值7.564亿元，其中单价10万元以上的实验仪器设备1026台（套），总值45705.50万元，按本科在校生17460人计算，本科生均实验仪器设备值43321.88元。

学校有国家级实验教学中心6个，省部级实验教学中心6个，国家级虚拟仿真实验教学中心3个；国家级虚拟仿真实验教学项目6个，省部级虚拟仿真实验教学项目17个。