2016年，学校国家自然科学基金工作持续保持领先，共获科学基金各类项目资助961项。28项（含6项青年科学家项目）重点研发计划项目获科技部资助；主持其他单位牵头项目的课题65项。学校1个创新团队和6个中青年科技创新领军人才入选国家创新人才推进计划，并列全国第四。2个创新团队获教育部滚动支持。41位教师获上海市人才类计划资助。学校共获上海市科委计划项目193项：其中，创新行动计划项目28项；上海市自然科学基金33项；“国家重要科技项目地方匹配”项目114项。此外，学校共获得上海市农委、经信委、教委、水务局、环保局等委办计划项目30项。横向技术合作和成果转化项目2000余项。医工交叉研究基金增设“产业化专项”、“重大项目”，2016年立项172项（重点11项，面上83项，青年78项）。推动对接重大专项课题申报与立项工作，本年度签订课题（任务）合同，共计36项，其中：牵头承担转基因专项“十三五”重大课题1项。

       2016年科研经费收入总量27.21亿元，支出总量21.59亿元，近年收支同步增长。2016年在研项目（课题）8000余项，完成结题3000多项、1200个项目年度进展、650多个项目中期检查、600多项审计和验收等工作；300多个项目举行了会议验收和评估。