截止于2018年12月31日，上海交通大学全资校办企业共4家，分别是上海交大企业管理中心、上海交大产业投资管理（集团）有限公司、上海贝奥科技开发公司、上海交大知识产权管理有限公司，总资产为672549.89万元，总负债为360500.41万元。国有控参股企业（公司）共9家，分别是上海交大教育服务产业投资管理（集团）有限公司、上海轻合金精密成型国家工程研究中心有限公司、上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司、上海集成电路研发中心有限公司、赛尔网络有限公司、上海生物芯片有限公司、上海交大太阳能发电与制冷工程研究中心、上海高校后勤服务股份有限公司、上海申农科技发展有限责任公司。2018年度上海交通大学校办企业国有资产保值增值率为129.32%。